苏轼是在湖州知州任上被抓的，那年是宋神宗元丰二年（）。
何正臣率先在朝廷上发难，上书指责苏轼“愚弄朝廷，妄自尊大”，继而有舒亶紧随其后，找出苏轼的诗集，陷苏轼于“大不敬”之罪，压轴戏由御史中丞李定主唱，他给苏轼定了四条“可废之罪”，这临门一脚，绝然要把苏轼送上断头台。
历史中所说的“乌台诗案”，“乌台”，就是御史台。与其他官衙一律面南背北不同，御史台的大门是向北开的，取阴杀之义，人们常把御史台称作乌台。苏轼得知自己将要被捕的消息时，皇甫僎带着他的人马已经到达州衙。皇甫僎下令手下台卒，用绳子把苏轼捆起来，推搡出门。
御史台那些人，再三向皇帝表白:“苏轼有谋反之意。”李定上书说，对苏轼要“特行废绝，以释天下之惑”。在苏轼生死之际，光献皇后（河北宁晋县延白村人。宋仁宗明道二年()诏聘入宫。《宋史》载:“后性慈俭，重稼穑，常禁苑种谷、亲蚕，善飞白(帛)书。”历经仁宗、英宗、神宗三朝，仁智贤明，德高望重。）挺身为苏轼说情。此时的光献皇后已经是太皇太后了。她病势沉重，宋神宗要大赦天下为太皇太后求寿，太皇太后说:“不须赦天下凶恶，但放了苏轼就够了。”
不妨在这里将这段故事的来龙去脉讲述一遍。宋神宗朝，王安石推行青苗法，苏轼几次向神宗皇帝上言，极论新法的弊端。结果受到弹。苏轼感到在都城的日子不好过，就上书请求到外地做官。
宋神宗元丰二年()三月，苏轼由徐州调任江苏太湖之滨的湖州。他作《湖州谢上表》，其实只是例行公事，略叙为臣过去无政绩可言，再叙皇恩浩荡，但他在后面又夹上了几句牢骚话:“陛下知其愚不适时，难以追陪新进;察其老不生事，或能牧养小民。”这几句牢骚话不要紧，差点要了苏轼的命。六月，个别有心人即摘引“新进”“生事”等语上奏朝廷，斥责苏轼“愚弄朝廷，妄自尊大”。明明是苏轼在讽刺他们，而他们反说苏轼愚弄朝廷。
七月，御史台派遣皇甫遵等人逮捕苏轼，指证苏轼在诗文中歪曲事实朝廷。御史李定、何正臣、舒亶等人，举出苏轼的《杭州纪事诗》作为证据，说他“玩弄朝廷，讥嘲国家大事”，还从他的其他诗文中挖出一二句，断章取义给予定罪，如:“读书万卷不读律，致君尧舜知无术。”本来苏轼是说自己没有把法律一类的书读通，所以无法帮助皇帝成为像尧、舜那样的圣人，他们却指他是讽刺皇帝没能以法律教导、监督官吏。
又如“东海若知明主意，应教斥卤变桑田。”说他是指责兴修水利的这个措施不对。其实苏轼自己在杭州也兴修水利工程，怎会认为那是错的呢?又如“岂是闻韶忘解味，迩来三月食无盐。”说他是讽刺禁止人民卖盐。总之是认定他胆敢讥讽皇上和宰相，罪大恶极，应该处死刑。苏轼在御史台内遭到严刑拷问，他自认难逃死罪。
苏轼的“文字狱”也惊动了内宫，太皇太后听说了这件事。在神宗皇帝看望她时说:“曾记得仁宗皇帝通过科试，选拔了苏轼兄弟，特别高兴地说:“我为子孙选拔了两个宰相人オ，苏轼因为作诗被关进了监狱，该不是仇人故意从诗中摘取章句中伤他吧?那过错太小了，不可让他遭受冤枉，滥加刑罚。”此一番话，让神宗听了痛哭流涕。是年十二月二十八日将苏轼流放黄州(湖北省黄县)。
宋神宗元丰二年()十月二十日，这位历经三朝的皇后因病故去。满朝文武都为这位太皇后的离世而悲伤，苏轼听信后也为这位皇太后写下了哀辞：恭闻太皇太后升遐，以轼罪人，不许成服，欲哭则不敢，欲泣则不可，故作挽词二章：
巍然开济两朝勋，信矣才难十乱臣。原庙固应祠百世，先王何止活千人。和熹未圣犹贪位，明德虽贤不及民。月落风悲天雨泣，谁将椽笔写光尘。
未报山陵国士知，绕林松柏已猗猗。一声恸哭犹无所，万死酬恩更有时。梦里天衢隘云仗，人间雨泪变彤帷。《关雎》《卷耳》平生事，白首累臣正作诗。
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